حقوق نظامی به عنوان یکی از حوزه‌های حقوق کیفری، در قیاس با حقوق شهروندی و آموزه‌های مرتبط با آن، وجوه افتراق متعددی دارد که این امر خود موجب بروز چالش میان این دو حوزه حساس می‌گردد. با توجه به قدمت در تقنین قوانین مدون حقوق نظامی و به‌روز نبودن و عدم انطباق آن با آموزه‌های نوین حقوق شهروندی، به ویژه منشور حقوق شهروندی که از آخرین استانداردهای حقوق بشری بهره جسته است، حقوق نظامی از این خصیصه برخوردار نبوده و نیاز به دگرگونی و تحول داشته و کماکان در قبال تحولات حقوق شهروندی از خود مقاومت نشان داده و به همین جهت، مشمولین حقوق نظامی بالأخص ضابطان عام دادگستری (ناجا)، بیشترین اصطکاک را در برخورد با شهروندان در رویارویی میان قوانین خشکو غیر منعطف نظامی، از خود نشان داده‌اند. در بادی امر چنین می‌نماید که حقوق نظامی، در تقابل با آموزه‌های حقوق شهروندی قرار گرفته لکن حلقه اتصال و ارتباط میان این دو حقوق را می‌توان در مسئولیت‌ها و تکالیف ضابطان عام دادگستری جستجو نمود. لذا در این مسیر علاوه بر موارد فوق، موانع و چالش‌های دیگری از جمله: به‌روز نبودن و عدماصلاح قوانین موجود نظامی، عدمانعطاف پذیری حقوق نظامی در مقابل تحولاتنوین حقوق شهروندی، عدم ارتقاء آگاهی و دانش عمومی ضابطان و شهروندان در خصوص مباحث حقوق شهروندی و... وجود دارد. در این پژوهش سعی شده است با واکاوی سابقه تقنینی و انطباق آن با آموزه‌های نوین حقوقی، به شناسایی چالش‌های فراروی تحول در حوزه حقوق جزای نظامی، به جهت رسیدن به مؤلفه‌ها و موازین منشور حقوق شهروندی بپردازیم.